La presenza di civiltà nel territorio di Staffolo è attestata sin da epoche remote come dimostrano i vari reperti archeologici rinvenuti in diverse località: utensili e monili del paleolitico, statuette bronzee di fattura umbro-sabellica, rilievi funerari ed iscrizioni d’epoca romana. 
L’attuale centro, posto sulla sommità del colle, si sviluppò probabilmente sul precedente vicus d’epoca romana e con la dominazione longobarda “Staffil” col significato originario di palo di confine o in senso lato di incrocio di strade. La prima attestazione documentaria di “Stafuli” risale all’anno 1078. 
Nel sec. XIII Staffolo è già un comune autonomo dotato di propri ordinamenti civici che confluiranno negli Statuti comunali tardomedioevali i cui manoscritti sono tutt’oggi conservati nell’archivio storico insieme con numerose pergamene dei secoli XIII-XVI. 
Pur appartenendo geograficamente all’area di influenza della potente Città di Jesi, Staffolo subisce solo per due brevissimi periodi il dominio diretto del vicino; più volte assediato durante le turbolente vicende del ‘300 e ‘400 cede solo alla furia del saccheggio delle bande di fra Moriale (1354) che volle punire l’adesione di Staffolo alla politica dei Visconti. 
Ricostruite le mura per volere dell’Albornoz, viene poi occupato con altri centri da Francesco Sforza (1433) nel tentativo di costui di impadronirsi dell’Italia centrale. 
L’ultimo saccheggio lo subisce dai guasconi di Francesco Maria della Rovere nella guerra che costui condusse contro la famiglia dei Medici per rimpossessarsi del Ducato di Urbino (1517). 
Nel 1543-54 viene istituito a Staffolo, fra i primi in Italia, il Monte frumentario della Pietà, un’istituzione che ha lo scopo di aiutare i più indigenti con prestiti agevolati di grano e denaro. Arricchitosi nel corso dei secoli di importanti monumenti, fra i quali le chiese di S. Egidio e di S.Francesco (sec. XIII), Staffolo conserva a tutt’oggi il tipico aspetto di borgo medioevale; un’intensa attività culturale ha caratterizzato il comune nel corso dei secoli come dimostrano la presenza di accademie musicali e gli insigli studiosi ed artisti qui nati e vissuti. 
Fra i più importanti, il notaio Vagnone Manuzio (sec. XIII), capostipite dell’importante famiglia dei Manuzio, editori in Venezia e Roma fra il XVI e XVII secolo, il Maestro di Staffolo (sec. XIV), gli organisti Fabio e Alessandro Costantini (sec. XVII), l’umanista Lancellotti (sec. XVIII).